Nos tempos de César, a região a que corresponde a actual Baviera estava ainda deserta. Mas com Augusto, já figura entre as províncias romanas, com os nomes de Vindelécia e Nórica. No século V, os Boii ou Boiarii, vindos da Boémia, estenderam as suas possessões até à Nórica ocidental mas acabaram por ser dominados pelos Francos Austrasianos nos tempos de Dagoberto (630-660).

Por esta altura, a Baviera era governada por duques da raça dos Agilolfingos, cujo fundador, Agilolfo, reinava cerca de 530. Esta dinastia manteve-se no governo em nome dos reis francos até Odílio que, em 743, tomou o título de rei. Tentou, em vão, subrtrair-se à suzarania de seu sogro, Carlos Martel, e o mesmo fez seu filho Tassilo II, que violou o juramento de fidelidade prestado a Pepino e, com sucessivas alianças com os reis lombardos, duques da Aquitânia, etc., combateu Carlos Magno. Mas foi derrotado e o imperador, mantendo o estatuto de ducado, entregou-o a Geraldo, conde da Suábia.

Seu filho Luis I, no entanto, elevou a Baviera a reino e cedeu-o a seu filho Lotário I que o cedeu a seu irmão Luis, o Germânico.

O reino compreendia, então, para além da Baviera, a Caríntia, a Carniola, a Ístria, Friul, a antiga Panónia, a Morávia e a Boémia. Em 912, com a extinção dos Carolíngios, os bávaros escolhem para seu chefe Arnaldo, conde da Caríntia. Com a sua morte em 937, a Baviera será governada por sucessivas casas: Saxe (947-1004), Francónia (1004-1070), guelfos, da Casa de Este (1070-1139) e duques austríacos (1139-1180) até cair nas mãos de Otão, conde palatino da Baviera, descendente de Arnaldo e chefe da casa de Wittelsbach, que reinaria no país até ao século XX.

Depois da morte (1253) do duque Otão II, o Ilustre, os seus dois filhos dividiram o país em Alta e Baixa Baviera mas Luis IV voltou a reunir os estados e foi coroado imperador em 1313. Quando morreu, em 1347, a Baviera aumentara consideravelmente os seus domínios, integrando o Branbenburgo, Holanda, Zelândia, Tirol, etc.

Os seus filhos voltaram a dividir entre si as diversas províncias dando origem a inúmeros ramos que rapidamente se extinguiram, voltando Alberto II (1507) a reunir os antigos estados.

Durante a Guerra dos Trinta Anos, o imperador Fernando II elevou o duque Maximiliano à dignidade hereditária de Eleitor (1623), confirmada em 1648 pelo tratdo da Westfália.

Na Guerra da Sucessão de Espanha, seu neto Maximiliano Manuel tomou o partido de França e, derrotado em 1704 pela Áustria, só em 1714 recuperou os seus estados. Carlos Alberto, que lhe sucedeu, pretendeu a sucesão do império, conquistou a Áustria e chegou a fazer-se coroar imperador - Carlos VII, em 1742. Derrotado, foi forçado a abandonar o império e a Baviera foi-lhe retirada e entregue a Francisco de Lorena. Conseguida a paz por seu filho Maximiliano José, foi, contudo, de pouca duração. Morrendo sem descendência, a Baviera passou às mãos do eleitor palatino Carlos Teodoro depois de longas lutas com a Áustria, sucedendo-lhe seu sobrinho Maximiliano José que, em troca do apoio prestado a Napoleão, foi elevado à dignidade Real (1806).

Em 1813, com a queda do imperador dos Franceses, a Baviera cessou a sua aliança com a França e, no Congresso de Viena obteve a confirmação do estatuto de reino e, também, a independência. Maximiliano outorgou em 1818 a Constituição.

Integrando a partir de 1870 o Império Alemão, viu instaurada a República em 1919, na sequência da derrota alemã na I Grande Guerra, impondo a abdicação ao rei Luis III.